Ο σκοπός της Γενικής Γραμματείας Θρησκευμάτων είναι «η προστασία της ελευθερίας της θρησκευτικής συνείδησης και της θρησκευτικής λατρείας, η εποπτεία του θρησκευτικού εκπαιδευτικού συστήματος και των λειτουργών των γνωστών θρησκειών, καθώς και η σύνδεση θρησκείας, παιδείας και πολιτισμού με την ταυτόχρονη προαγωγή δράσεων κατά του φανατισμού και της μισαλλοδοξίας και υπέρ των διαθρησκευτικών σχέσεων και διαλόγου προς όφελος της θρησκευτικής ειρήνης και της κοινωνικής συνοχής»