Οι αρμοδιότητες του τμήματος των Ευρωπαϊκών Σχολείων της ΔΙΠΟΔΕΕΜΣ αποτυπώνονται στην παρ. 4 του άρθ. 47 του ΠΔ 18/18 (Α’ 31). Πιο συγκεκριμένα το τμήμα Δ΄ Ευρωπαϊκών Σχολείων είναι αρμόδιο για τα μαθητικά και τα θέματα προσωπικού των Ευρωπαϊκών Σχολείων, συμπεριλαμβανομένου του Σχολείου Ευρωπαϊκής Παιδείας στο Ηράκλειο Κρήτης καθώς και για τον χειρισμό κάθε σχετικού θέματος